Генетический анализ рынка в Ухане подтверждает животное происхождение COVID-19

Новое международное исследование предоставляет список видов диких животных, присутствовавших на рынке, с которого, вероятнее всего, возник SARS-CoV-2 в конце 2019 года. Исследование основано на новом анализе метатранскриптомных данных, опубликованных Китайским центром по контролю и профилактике заболеваний (CDC).

Данные получены из более чем 800 образцов, собранных на рынке морепродуктов в Ухане и вокруг него, начиная с 1 января 2020 года, а также из вирусных геномов ранних пациентов с COVID-19. Исследование опубликовано 19 сентября в журнале Cell.

Это один из важнейших наборов данных о происхождении пандемии. Анализ добавляет новый слой к накапливающимся доказательствам, указывающим на один сценарий: инфицированные животные были завезены на рынок в середине-конце ноября 2019 года, что и спровоцировало пандемию.

Сбор данных на рынке

1 января 2020 года, после удаления животных и всего через несколько часов после закрытия рынка, сотрудники китайского CDC собрали образцы. Они взяли мазки с полов, стен и других поверхностей в торговых рядах, а позже сфокусировались на поверхностях в рядах, продающих диких животных (клетки, тележки), а также взяли пробы из дренажей и канализаций.

Было проведено метатранскриптомное секвенирование образцов — метод, позволяющий получить все РНК-последовательности (а также ДНК) от всех организмов в образцах. Китайская команда CDC под руководством Лю Цзюня опубликовала данные и результаты в 2023 году в журнале Nature, но не идентифицировала точные виды животных, которые могли быть промежуточными хозяевами.

Ключевые находки

Новый анализ данных, опубликованный в Cell, показывает, что SARS-CoV-2 присутствовал в тех же рядах, где продавались дикие животные, включая:

В некоторых случаях генетический материал вируса SARS-CoV-2 и этих животных был обнаружен на одних и тех же мазках. Виды животных были идентифицированы путем генотипирования их митохондриальных геномов.

Эволюционный анализ

Эволюционный анализ самых ранних вирусных геномов, включая эти экологические последовательности, указывает, что было очень мало (если вообще были) инфицированных людей до вспышки на рынке. Это согласуется с передачей вируса от животных человеку внутри рынка. Основное генетическое разнообразие SARS-CoV-2 с самого начала было сосредоточено на рынке.

Значение и выводы

Хотя данные не могут напрямую доказать, были ли одно или несколько этих животных инфицированы, анализ предоставляет четкий список видов, которые с наибольшей вероятностью могли быть носителями вируса. Эти же виды животных (енотовидные собаки, циветы) были связаны со вспышкой SARS-CoV в 2002 году.

Понимание происхождения пандемии COVID-19 критически важно для национальной безопасности и общественного здравоохранения во всем мире. Несмотря на повышенное внимание к безопасности лабораторий, мало что было сделано для снижения риска повторения подобного зоонозного сценария.