Крупнейший генетический атлас для рыбок данио — «прорыв» для биомедицинских исследований
Новое исследование предлагает наиболее полный на сегодняшний день атлас генетических данных о рыбках данио (zebrafish), который принесет пользу исследователям в области медицины и наук о жизни.
Атлас поможет лучше изучать различные состояния — от разных типов рака (например, рака кожи) до болезней сердца и нейродегенерации. Это может позволить большему числу ученых заменить модели млекопитающих в своих исследованиях.
Консорциум DANIO-CODE, объединивший 27 лабораторий по всей стране, составил каталог опубликованных открытых наборов данных, дополненных вновь полученной информацией. В результате было выявлено 140 000 областей ДНК, участвующих в регуляции экспрессии генов у данио.
Исследование, посвященное данио — второй по популярности животной модели в медицинских и биологических исследованиях, — основано на 1 802 образцах с миллионами точек данных каждый. Оно дает наиболее полную картину кандидатных областей ДНК для трансгенного разведения и генетических исследований развития и болезней.
В статье, опубликованной в Nature Genetics, подробно описаны элементы ДНК, участвующие в нескольких эмбриональных стадиях развития, а также улучшено понимание генетической эквивалентности между данио и мышами.
Ференц Мюллер, профессор генетики развития Бирмингемского университета, руководивший консорциумом в этом исследовании, заявил:
«Каталогизация генетической информации для данио — это значительный прорыв, который может лечь в основу самых захватывающих достижений в медицине и науках о жизни на годы вперед. Профессор Борис Ленхард из Имперского колледжа Лондона и профессор Карстен Дауб из Каролинского института сыграли ключевую роль в координации работы более 50 исследователей по всему миру. Получившийся атлас/карта — свидетельство того, как инициатива снизу по сотрудничеству через границы может достичь результата на благо нашего научного сообщества. Каталог, созданный консорциумом DANIO-CODE, находится в открытом доступе, чтобы исследователи могли использовать генетическую информацию в своих будущих работах».
«Данио — невероятно полезная модель для исследователей. Они идеальные кандидаты для изучения различных заболеваний, потому что их эмбрионы прозрачны и они обладают необычными регенеративными свойствами. Эти свойства уже дали ученым представление о процессах в организме человека».
«Теперь, с нашим новым каталогом, мы на шаг приближаемся к созданию полностью реализованной карты, которую можно наложить на геном человека. Это позволит исследователям по всему миру быстрее разрабатывать новые методы лечения, лекарства и лучше понимать болезни человека и животных».
Карстен Дауб, доцент и руководитель группы Департамента бионаук и питания Каролинского института и Science for Life Laboratory, руководивший интеграцией данных, сказал:
«Это масштабное исследование объединяет все отдельные наборы данных в единую структуру, позволяя исследователям по всему миру решать вопросы, которые нельзя было решить на основе отдельных исследований».