Малые молекулы, большая роль: Интерактивная база данных показывает, как snoРНК участвуют в регуляции генов

Малые ядрышковые РНК (snoРНК) — это некодирующие молекулы РНК. Их роль в регуляции генов и связь с такими заболеваниями, как воспалительное заболевание кишечника (ВЗК) или колоректальный рак, стала известна лишь недавно.

Исследовательская группа по генетике рыб кафедры генетики Университета им. Лоранда Этвёша (ELTE) детально изучила временную экспрессию snoРНК в геноме важного генетического модельного организма — рыбки данио-рерио. Также была создана онлайн-база данных (snoDanio) для их интерактивной визуализации.

Работа группы под руководством доктора Мате Варги опубликована в журнале NAR Genomics and Bioinformatics.

Функция snoРНК необходима для осуществления ключевых модификаций в молекулах, из которых состоят рибосомы, ответственные за синтез наших белков. Поэтому различия в экспрессии snoРНК между тканями организма поддерживают теорию о том, что точная функция этих «белковых фабрик» может незначительно отличаться в разных тканях.

Это заслуживает особого внимания, поскольку в последние годы несколько исследований показали, что серьезные расстройства, такие как ВЗК или рак толстой кишки, связаны с изменениями в экспрессии определенных snoРНК.

В исследовании было идентифицировано 67 ранее неизвестных snoРНК в дополнение к уже описанным snoРНК, специфичным для данио. Также был проведен комплексный анализ экспрессии молекул snoРНК в процессе развития и между различными тканями взрослых особей.

«Впервые кто-то систематически картировал весь сноРНКом данио-рерио, и полученная база данных является лишь третьей подобной коллекцией, специфичной для одного вида, в мире», — сказала Рената Хамар, аспирант и ведущий автор исследования. «Наши результаты значительно расширяют знания об этих важных регуляторных молекулах в ключевом модельном организме, который тысячи групп по всему миру используют для изучения человеческих болезней».

Исследовательская группа также использовала уникальный биоинформатический конвейер и создала интерактивную базу данных под названием «snoDanio», чтобы поделиться своими результатами. Она позволяет другим исследователям быстро анализировать экспрессию snoРНК в собственных экспериментах.

Данио-рерио — популярный модельный организм для изучения болезней человека. Для более чем 80% человеческих генов, важных при заболеваниях, можно найти соответствующие гены в геноме данио. Новые результаты группы ELTE и база данных snoDanio могут помочь в создании лучших моделей заболеваний на данио и, в конечном счете, в понимании некоторых более сложных болезней человека.