Учёные опубликовали последовательность генома индейки
Международный консорциум исследователей завершил секвенирование большей части генома домашней индейки и опубликует его на следующей неделе в открытом онлайн-журнале PLoS Biology. Консорциум начал работу по картированию генетического чертежа домашней индейки, четвёртого по популярности источника мяса в США, в 2008 году. Полная последовательность генома, быстро полученная с помощью технологии секвенирования «следующего поколения», обещает новые данные для исследователей птиц и, в конечном итоге, продукт лучшего качества для производителей и потребителей.
«На сегодняшний день секвенировано и собрано более 90% генома домашней индейки», — заявил Рами Даллул, доцент кафедры зоотехнии и птицеводства. Большая часть данных получена из 10 самых больших хромосом, называемых макрохромосомами, а исследователи всё ещё ищут лучший способ секвенировать оставшиеся микрохромосомы. «Мы уже описали тысячи генов, ранее неизвестных орнитологам», — добавил Даллул. Также представляют интерес последовательности половых хромосом «Z» и «W», которые ранее были плохо изучены.
Клайв Эванс, директор Центральной лаборатории, отметил, что доступность технологии секвенирования Roche GS-FLX Titanium позволила консорциуму быстро и эффективно создать ранний черновик генома индейки. Этот черновик был расширен в 2009 году данными с платформы Illumina, а собран учёными из Университета Мэриленда. Использование этих технологий следующего поколения означало, что последовательность генома индейки была получена за долю стоимости создания сборки генома банкивской джунглевой курицы (того же вида, что и домашняя курица) в 2004 году.
Краткосрочные перспективы
В краткосрочной перспективе последовательность генома индейки предоставит учёным знания о конкретных генах, важных для:
- выхода и качества мяса,
- здоровья и устойчивости к болезням,
- фертильности и репродукции.
Это позволит лучше понять механизмы взаимодействия патогена с хозяином, что, в свою очередь, улучшит профилактику и лечение заболеваний. Улучшенное понимание генетической вариативности также приведёт к разработке новых инструментов для селекции индеек с желаемой текстурой, вкусом и постностью мяса.
Биомедицинские приложения
Геномная последовательность может найти применение в биомедицинской области. Исследуется птичье состояние, сходное с дилатационной кардиомиопатией у людей. Другие члены консорциума изучают воздействие афлатоксинов на индеек. Афлатоксины — природные канцерогенные химические вещества, продуцируемые грибами, которые подавляют иммунную систему. Домашняя индейка является наиболее восприимчивым к афлатоксинам известным видом.
Консорциум провёл последний год, аннотируя и анализируя черновую последовательность генома. Исследовательская группа надеется, что интегрированный подход, использованный для получения генома индейки, послужит моделью для создания сборок на уровне генов и хромосом для других видов, имеющих сельскохозяйственное, экологическое или эволюционное значение.