Улучшение генома какао и базы данных Phytozome

По данным Международной организации по какао (ICCO), мировое производство какао-бобов в 2017-2018 гг. составило 4,6 млн метрических тонн. Глобальные бренды шоколада не могли бы существовать без какао. Однако сегодня растение находится под угрозой из-за изменения климата и разрушительных грибковых инфекций. Поэтому компания Mars, Inc., производитель шоколада более 100 лет и один из крупнейших в мире покупателей какао, сотрудничает с другими для создания более здоровых и продуктивных растений какао и обеспечения его наличия в будущем.

В 2010 году консорциум под руководством Mars, Inc. в рамках проекта Cacao Genome Database выпустил первый черновой вариант генома Theobroma cacao — дерева, производящего какао-бобы. Сборку последовательности генома выполнила команда по растениям в Институте биотехнологии ХадсонАльфа.

Теперь учёные из ХадсонАльфа завершили и выпустили обновлённый референсный геном T. cacao, получив финансирование от Mars Wrigley. Аннотированный геном был обновлён до высококачественного современного стандарта и включает данные RNA-seq. Улучшенный геном T. cacao Matina 1-6 теперь доступен для сравнительного анализа в последней версии портала растений JGI Phytozome по адресу phytozome-next.JGI.doe.gov. Одной из целей обновления аннотации генома было создание высококачественного узла для какао, используемого для системной ортологии, чтобы его можно было применять как в функциональной биологии какао, так и в селекции.