Геном водяной полёвки поможет в сохранении одного из самых исчезающих млекопитающих Великобритании

Опубликован первый высококачественный референсный геном европейской водяной полёвки (Arvicola amphibius). Этот инструмент, созданный учёными Института Сэнгера в рамках проекта «Дарвиновское древо жизни» совместно с природоохранной организацией Wildwood Trust, поможет оценивать популяционную генетику, изучать эволюцию вида и управлять программами реинтродукции.

Статус вида в Великобритании

  • Глобальный статус сохранности водяной полёвки — «вызывающий наименьшие опасения».
  • В Великобритании вид считается национально исчезающим. Популяция сократилась с 7,3 млн в 1990 году до примерно 132 000 в 2018-м.
  • Основные причины: потеря мест обитания и хищничество инвазивного вида — американской норки.
  • С 2008 года вид имеет полную правовую защиту в Великобритании.

Генетическое разнообразие и значение генома

После последнего ледникового периода водяные полёвки вернулись в Британию из двух ледниковых рефугиумов (Иберия и Восточная Европа), что создало генетическое разнообразие. Однако масштабы его потерь из-за недавнего сокращения популяции неизвестны.

  • Хейзел Райан, Wildwood Trust: «Мы подозреваем, что некоторые популяции стали инбредными... Референсный геном позволяет нам лучше понять генетическое разнообразие для реинтродукций».
  • Профессор Роб Огден, Эдинбургский университет: «Понимание генетического разнообразия... центрально для международных руководств по перемещению диких животных. Геном обеспечивает набор инструментов для поддержки будущей устойчивости вида».

Как был создан геном

Для секвенирования использовали образец крови самца A. amphibius из содержащейся в неволе популяции Wildwood Trust в Кенте (Великобритания). Секвенирование провели в Институте Сэнгера на системах Pacific Biosciences SEQUEL I и Illumina HiSeq X.

Контекст проекта

Геном водяной полёвки опубликован в рамках проекта «Дарвиновское древо жизни», целью которого является секвенирование геномов 70 000 видов животных, растений, грибов и протистов Британии и Ирландии.

  • Профессор Марк Блэксон, Институт Сэнгера: «Этот высококачественный референсный геном позволит нам зафиксировать генетическое разнообразие и поддержать природоохранные усилия».