Исследователи собрали "древо жизни" для патогенов

Создан новый онлайн-инструмент — первый в своём роде для фитопатогенов. Он поможет исследователям по всему миру идентифицировать, обнаруживать и отслеживать виды Phytophthora, ответственные за болезни растений: от разрушительного картофельного голода в Ирландии 1840-х годов до внезапной гибели дубов, которая до сих пор поражает популяции дубов на западном побережье США.

Новое "древо жизни" патогенов содержит обширную информацию о каждом из более чем 192 официально описанных видов, включая их эволюционную историю и родственные связи внутри групп, а также о более чем 30 неформально описанных таксонах. Оно также включает данные генетических последовательностей из нескольких участков генома каждого вида. Другие важные данные — глобальное распространение каждого вида, растения-хозяева и место локализации патогена в растении или на нём.

"Мы помещаем все известные виды Phytophthora в "живое" древо жизни, используя инструментарий Tree-Based Alignment Selector (T-BAS), разработанный моим коллегой Игнацио Карбоне", — говорит Жан Ристейно, профессор фитопатологии Университета штата Северная Каролина и автор статьи в PLOS ONE.

Инструмент позволит исследователям обновлять информацию о болезнях растений в реальном времени. "Ключ к предотвращению вспышек болезней — уловить сигналы до того, как вспышка произойдет. T-BAS может быть полезен для эпиднадзора за болезнями и для определения следующей новой появляющейся линии", — отмечает Ристейно.

Первый вид рода Phytophthora ("пожиратель растений") был описан и назван в 1876 году. Эти патогены присутствуют в воздухе, почве и воде и могут вызывать болезни у продовольственных культур, декоративных растений и деревьев.

"С 2000 года было идентифицировано около 150 новых видов Phytophthora", — говорит аспирант Эллисон Кумбер, разработавшая инструмент вместе с командой. "Это необычно большое количество видов патогенов растений. Многие виды Phytophthora имеют широкий круг хозяев, поэтому они могут "перемещаться" на большие площади", — добавляет Ристейно.

Инструмент Phytophthora T-BAS размещён в веб-портале DeCIFR Центра комплексных исследований грибов Университета штата Северная Каролина.