Улучшенная сборка генома финиковой пальмы и идентификация генов цвета и сахара плодов

Исследователи из Центра геномики и системной биологии Нью-Йоркского университета в Абу-Даби (NYUAD CGSB) и Центра генной инженерии и биотехнологий имени Халифы Университета ОАЭ (KCGEB) совместно с другими институтами разработали улучшенную сборку генома финиковой пальмы (Phoenix dactylifera) с использованием технологии длинного чтения (long-read sequencing).

Ключевые достижения:

• Улучшенный геном: Новая сборка генома на 18% больше и более контигуозна, чем существующие версии.
• Идентификация генов: С помощью полногеномного поиска ассоциаций (GWAS) впервые у финиковой пальмы картированы гены, ответственные за:
  • Изменение цвета плодов.
  • Уровень основных сахаров (включая идентификацию генов фермента инвертазы, расщепляющей сахарозу на глюкозу и фруктозу).
• Подтверждение: Также успешно картирован ранее идентифицированный локус определения пола.

Значение:

Этот прогресс в изучении генома одной из древнейших одомашненных древесных культур поможет:

• Продвинуть эволюционно-геномные исследования этого многолетнего вида.
• Информировать практики размножения этого важного источника пищи в регионе Ближнего Востока и Северной Африки (MENA).
• Внести вклад в решение проблем продовольственной безопасности.

Цитата: Майкл Пуруганнан, ведущий учёный: «Наш прогресс в расшифровке генома финиковой пальмы наконец-то раскрывает некоторые секреты, объясняющие, как этому виду деревьев удавалось процветать в разнообразных, сложных экосистемах».

Исследование опубликовано в журнале Nature Communications. Международный проект возглавляли NYUAD и KCGEB при участии учёных из США, Швейцарии, Франции, Великобритании, Саудовской Аравии и Мексики.