Расшифрованы генетические секреты финиковой пальмы
Исследователи из Weill Cornell Medical College в Катаре (WCMC-Q) составили черновой вариант генома финиковой пальмы, раскрыв многие её генетические секреты.
«Мы создали черновую последовательность ДНК и первоначальную сборку генома финиковой пальмы, используя самые передовые технологии», — говорит Джоэл Малек, директор лаборатории геномики WCMC-Q. Эта генетическая информация крайне ценна для учёных, работающих над повышением урожайности и качества плодов, а также над изучением восприимчивости и устойчивости к болезням.
Работа по секвенированию стала исследованием для проверки концепции. Целью было создание и проверка возможностей основной лаборатории для масштабных геномных проектов. Лаборатория — часть большой программы биомедицинских исследований, запущенной WCMC-Q при поддержке Qatar Foundation, которая стремится сделать Катар центром исследований на Ближнем Востоке.
Для создания черновой карты исследователи использовали метод секвенирования нового поколения. По словам Малека, он обеспечивает качество данных между методом EST (экспрессируемых последовательностей меток) и традиционным методом полногеномного картирования. «Мы смогли получить относительно непредвзятое представление о генных областях всего растения финиковой пальмы за малую часть стоимости и гораздо быстрее. Используя этот подход, который учитывает более низкое содержание повторов ДНК в генных областях финиковой пальмы, мы увеличили общедоступные знания о её генах примерно в 1000 раз».
ДНК была получена из листьев финиковой пальмы, предоставленных Qatar Plant Tissue Culture Lab.
Финиковые пальмы играют значительную роль в сельском хозяйстве Ближнего Востока, Северной Африки и Пакистана. Плоды являются основным источником питания в этих регионах, а само дерево важно для развития устойчивого сельского хозяйства во многих засушливых и засоленных районах мира.
Малек и его коллеги продолжат улучшать черновую последовательность и опубликуют данные. Пока же информация доступна учёным по всему миру на сайте колледжа.
Источник: New York-Presbyterian Hospital