Новый вычислительный инструмент улучшает идентификацию генов потенциальной клинической значимости

Исследователи из Медицинского колледжа Бейлора разработали новый биоинформатический веб-инструмент для анализа данных CRISPR-скрининга пула генов. Он позволяет с большей чувствительностью и точностью, чем существующие методы, выявлять кандидаты в потенциально значимые гены, например, гены-модификаторы.

Контекст и цель разработки

• Проект создан в коллаборации с лабораторией доктора Худы Зогби, изучающей неврологические заболевания.
• Цель — идентификация генов-модификаторов, на которые можно воздействовать лекарствами. Такие гены влияют на экспрессию других генов и могут смягчать негативные эффекты гена, вызывающего болезнь.
• Для скрининга всего генома используется технология CRISPR, которая генерирует огромные массивы данных. Необходим инструмент для сужения списка кандидатов до числа, пригодного для лабораторной проверки.

Преимущества нового инструмента

• Методология: Использует бета-биномиальное моделирование, которое лучше учитывает естественную вариабельность данных CRISPR.
• Точность: По сравнению с восемью наиболее распространенными методами, новый инструмент (CRAN.R-project.org/package=CB2) более чувствителен и точен.
• Доступность: Не требует специальной биоинформатической подготовки для использования, что позволяет ученым-экспериментаторам самостоятельно анализировать данные.

Результат работы инструмента

Инструмент помогает исследователям точнее оценить статистическую значимость каждого измеренного гена и сформировать список наиболее вероятных генов-кандидатов для терапии, максимизируя их охват и минимизируя ложноположительные результаты.

Исследование опубликовано в журнале Genome Research.