Выпущен черновой вариант геномной последовательности возбудителя скарлатины

В этом году в Гонконге зафиксирована необычно высокая заболеваемость скарлатиной. На данный момент инфицированы 466 детей, двое из них умерли. Скарлатину вызывает Streptococcus pyogenes, грамположительный патоген, который может передаваться через кожные раны и воздушно-капельным путем.

Под руководством Центра по контролю заболеваний Гонконга (HK CDC) Гонконгский университет (HKU) и его партнеры сегодня выпустили черновой вариант геномной последовательности штамма S. pyogenes, выделенного от пациента со скарлатиной (последовательность загружена в NCBI под номером доступа SRA038808 и доступна для скачивания по адресу ftp://ftp.genomics.org.cn/pub/S.pyogenes/). Предварительные результаты анализа указывают, что этот штамм принадлежит к серотипу M12, широко распространенному в Европе, Северной и Южной Америке, а также Азии. У этого типа штаммов S. pyogenes не наблюдалось значительных вирулентных характеристик. Около 95.2% геномной последовательности этого штамма совпадает с двумя ранее полностью секвенированными штаммами M12, а 4.8% (примерно 90 т.п.н.) являются уникальными для данного штамма. Возможно, что именно специфические последовательности в этом штамме могут привести к повышению вирулентности и улучшенной способности к распространению.

HKU и его коллабораторы продолжают интенсивные исследования этого патогена. Полная детальная карта генома этого S. pyogenes будет опубликована в течение недели. Команда планирует далее изучить источник специфических вирулент-ассоциированных последовательностей и возможный механизм патогенности, сравнивая предыдущие изоляты S. pyogenes в Гонконге с текущим секвенированным штаммом. Результаты исследования предоставят научные доказательства для содействия контролю уровня заболеваемости, а также для разработки эффективных мер по предотвращению распространения скарлатины.

Сообщается, что черновая геномная последовательность и предварительные результаты анализа были выполнены HKU и BGI-HongKong. Ранее в этом месяце BGI-Shenzhen и Университетский медицинский центр Гамбург-Эппендорф совместно впервые разработали полную геномную последовательность штамма Escherichia coli, вызвавшего вспышку в Германии.