Бактерии пупка под микроскопом
Исследователи выявили, какие виды бактерий чаще всего встречаются в наших пупках, но так и не установили, что определяет, какие виды будут найдены у конкретного человека. Это первые опубликованные результаты проекта «Биоразнообразие пупка» под руководством доктора Роба Данна из Университета штата Северная Каролина.
Учёные взяли мазки из пупков 66 участников исследования и проанализировали образцы с помощью высокопроизводительного генетического секвенирования. Это позволило определить каждый присутствующий в образце филотип и его распространённость. Для целей данного исследования филотипом считался организм, последовательность гена 16s рДНК (по сути, генетический «отпечаток пальца» микроба) которого отличалась от других организмов как минимум на 3%.
Были обнаружены тысячи филотипов, но лишь немногие встречались у значительного числа людей. Подавляющее большинство филотипов были найдены всего один или два раза.
В частности, исследование выявило 2368 различных филотипов – впервые в том числе три филотипа архей. Однако только восемь филотипов были обнаружены как минимум у 70% участников. Эти восемь филотипов также были среди самых многочисленных – когда они присутствовали, их было ОЧЕНЬ много. Фактически, на эти восемь филотипов приходилось почти 50% от общей численности бактерий в образцах.
«Распространённые, многочисленные виды происходят из относительно небольшого числа эволюционных линий, что указывает на то, что они выработали черты, делающие их "как дома" на человеческой коже, — говорит Данн, соавтор статьи, описывающей работу. — Однако мы всё ещё пытаемся выяснить, что определяет, какие из этих видов будут найдены в пупке конкретного человека. Мы рассматривали пол, возраст, этническую принадлежность и ряд других факторов — ни один из них не позволяет предсказать, какие виды живут у этого человека».
Этот проект был запущен во многом потому, что в последние годы стало ясно: сообщество микроорганизмов на нашей коже формирует первую линию защиты от патогенов.
«Мы знаем, что без этих микробов наша иммунная система не будет функционировать должным образом, — говорит Данн. — Фактически, это сообщество микробов должно иметь определённый состав — должно формировать определённую микробную экосистему — для правильной работы нашей иммунной системы. Эта работа — важный шаг к пониманию того, какие виды являются ключевыми игроками в этих экосистемах».
Исследователи выбрали для взятия проб пупок по двум причинам. Во-первых, это репрезентативный участок тела, который редко подвергается воздействию. Во-вторых, команда хотела вовлечь общественность в науку — «а пупок по своей природе нелеп, — говорит Данн. — Это привлекает внимание людей».
В целом исследователи обнаружили, что в среднем пупок участников исследования содержит 67 различных филотипов бактерий. Многие из этих бактерий были совершенно неожиданными — включая те, которые обычно встречаются только в морской среде или в почвах других регионов.
Статья «A Jungle in There: Bacteria in Belly Buttons are Highly Diverse, but Predictable» опубликована в онлайн-журнале PLOS-ONE.