Геном ядовитого щелезуба: новый член "геномного клуба"
В журнале GigaScience представлен черновой геном ядовитого щелезуба (Solenodon paradoxus) — небольшого насекомоядного млекопитающего, похожего на землеройку. Это один из немногих ядовитых млекопитающих и единственная сохранившаяся ветвь, отделившаяся от других насекомоядных во времена динозавров. Секвенирование и анализ генома этого исчезающего животного провела международная команда под руководством доктора Тараса К. Олексика из Университета Пуэрто-Рико.
Уникальные особенности и значение
Щелезуб обладает модифицированными слюнными железами, выделяющими ядовитую слюну через бороздки на острых резцах. Для млекопитающего он также имеет примитивные черты: очень большие когти, гибкий нос с шаровым суставом и необычно расположенные (на задней части тела) соски. Это наиболее филогенетически удаленная ветвь, добавленная в "геномный клуб". Результаты важны для сохранения вида, так как морфометрические исследования предполагали, что северные и южные популяции на острове Гаити могут быть подвидами, а не разными видами.
Трудности исследования
Щелезуб генетически и географически изолирован, ведет ночной образ жизни и находится под угрозой исчезновения, обитая лишь в отдаленных уголках Кубы и Гаити. Для отлова животных и взятия образцов крови потребовалось сотрудничество с местными экспертами из Instituto Tecnológico de Santo Domingo и Universidad Autónoma de Santo Domingo. Транспортировка высококачественной ДНК из удаленных районов Карибского бассейна и ограниченный бюджет привели к тому, что коммерческая лаборатория предоставила данные с очень низким покрытием на особь.
Новый подход к сборке генома
Исследователи разработали новый метод. Они предположили, что из-за миллионов лет изоляции вид сильно инбреден и имеет высокогомозиготный геном. Это позволило объединить данные пяти особей для увеличения общего покрытия. Стратегия сработала, особенно в сочетании с методом сборки string graph (вместо стандартного de Brujn graph), который использует больше данных секвенирования. Этот подход предлагает бюджетную альтернативу для сборки геномов исчезающих видов.
Научные выводы
- Сохранение: Данные подтверждают разделение на подвиды внутри гаитянского щелезуба как минимум 300 000 лет назад. Северные и южные популяции следует рассматривать как отдельные единицы для сохранения с независимыми стратегиями разведения.
- Эволюция: Щелезубы отделились от других современных млекопитающих примерно 73,6 миллиона лет назад. Доктор Олексик отметил: "Мы подтвердили раннюю дату видообразования щелезубов, что имеет вес в продолжающихся дебатах о том, пережили ли щелезубы вымирание динозавров после падения астероида в Карибском регионе".