Исследователи выявили варианты SARS-CoV-2, способные ускользнуть от клеточного иммунного ответа

Ряд существующих штаммов SARS-CoV-2, а также будущие варианты, которые могут возникнуть, обладают потенциалом для ускользания от цитотоксического Т-клеточного ответа иммунной системы у части населения. К такому выводу пришло новое модельное исследование, опубликованное 10 февраля в PLOS Computational Biology Антонио Мартин-Галиано из Института здоровья Карлоса III (Испания) и его коллегами.

Т-клеточный ответ у человека генетически кодируется молекулами HLA — это означает, что у разных людей разные HLA, запрограммированные распознавать патогены по разным их частям или «эпитопам». При тысячах различных молекул HLA в популяции и тысячах возможных эпитопов у любого вируса экспериментальная оценка иммунного ответа каждого аллеля HLA человека на каждый вирусный вариант невозможна. Однако вычислительные методы могут облегчить эту задачу.

В новом исследовании ученые сначала определили полный набор эпитопов у исходного референсного штамма SARS-CoV-2 из Уханя (Китай). Команда обнаружила 1222 эпитопа SARS-CoV-2, связанных с основными подтипами HLA, которые охватывают около 90% человеческой популяции; по крайней мере 9 из каждых 10 человек могут запустить Т-клеточный ответ на COVID-19 на основе этих 1222 эпитопов.

Затем исследователи с помощью вычислений проанализировали, имеют ли какие-либо из 118 000 различных изолятов SARS-CoV-2 со всего мира, описанных в наборе данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI), мутации в этих эпитопах. Оказалось, что 47% эпитопов были мутированы по крайней мере в одном существующем изоляте. В некоторых случаях существующие изоляты имели мутации в нескольких эпитопных регионах, но совокупные мутации никогда не затрагивали более 15% эпитопов для любого данного типа аллеля HLA. Проанализировав восприимчивые аллели и географическое происхождение соответствующих им «ускользающих» изолятов, команда обнаружила, что они сосуществуют в некоторых географических регионах — включая Африку к югу от Сахары, Восточную и Юго-Восточную Азию, — что предполагает потенциальное генетическое давление на цитотоксический Т-клеточный ответ в этих областях.

«Накопление этих изменений в независимых изолятах все еще слишком мало, чтобы угрожать глобальной человеческой популяции», — говорят авторы. — «Наш протокол выявил мутации, которые могут быть актуальны для конкретных популяций и требуют более глубокого наблюдения».

Однако Мартин-Галиано отмечает, что «незамеченные мутации SARS-CoV-2» в будущем могут «угрожать цитотоксическому Т-ответу в человеческих субпопуляциях».