Команда секвенирует 1000 геномов грибов

Коллекция культур грибов возрастом 79 лет и Северная исследовательская станция Лесной службы США входят в команду, которая за 5 лет секвенирует 1000 геномов грибов.

Дэн Линднер, исследователь-фитопатолог из Центра лесной микологии (CFMR) Северной исследовательской станции, — один из 13 учёных, участвующих в проекте «1000 Fungal Genomes». В сотрудничестве с Объединённым институтом генома Министерства энергетики США (DOE) будут секвенированы два вида из каждого известного семейства грибов. Проект — первый шаг к созданию энциклопедии всех грибов, которая поможет понять не только их функции, но и механизмы работы.

Проект «1000 Fungal Genomes» стал одним из 41 исследовательского проекта, получившего финансирование по программе Community Sequencing Program (CSP) Министерства энергетики на 2012 год, о чём было объявлено 3 ноября.

CFMR предоставит около 200 из 1000 видов для секвенирования, остальные 800 видов поступят из четырёх других крупных коллекций культур со всего мира. Коллекция культур CFMR, основанная в 1932 году, включает 20 000 культур 1600 видов грибов. «Это невероятный ресурс, — сказал Линднер. — Насколько нам известно, это крупнейшая в мире коллекция грибов, обитающих в древесине».

Коллекция CFMR состоит в основном из базидиомицетов, или грибов-базидиомицетов, к которым относятся и грибы, образующие плодовые тела. Эти грибы играют множество критически важных ролей в лесах: от видов, защищающих корни деревьев, до видов, разлагающих древесину, и разрушительных патогенов, убивающих деревья. Исследователи CFMR будут выращивать грибы и выделять ДНК для секвенирования в Объединённом институте генома DOE.

Грибы широко распространены, трудолюбивы и во многом неизвестны, несмотря на их важность для всего — от цикла углерода до производства жизненно важных лекарств, включая «старомодные» чудо-препараты, такие как пенициллин, а также бестселлеры, такие как статины, снижающие холестерин, и иммунодепрессант циклоспорин, сделавший возможной трансплантацию органов. Грибы также необходимы для производства продуктов, улучшающих качество жизни, таких как шоколад, пиво и особые сыры, например, бри и горгонзола. По оценкам, существует от 1 до 1,5 миллиона видов грибов; названия есть лишь у около 100 000 видов. «Они так важны во многих отношениях, и нам так много о них предстоит узнать, — сказал Линднер. — Мы знаем лишь верхушку айсберга».